วิธีเก็บหอมแดงให้สดนานและไม่ขึ้นราได้นานหลายเดือน คือการเก็บในที่แห้ง โปร่ง และอากาศถ่ายเทสะดวก เช่น แขวนเป็นพวงหรือใส่ตะกร้าโปร่ง (เก็บได้ 1-3 เดือน) หากปอกเปลือกแล้วให้เก็บในตู้เย็นโดยใส่ภาชนะปิดสนิทพร้อมกระดาษอเนกประสงค์เพื่อซับความชื้น 

• แขวนหรือใส่ตะกร้า (วิธีดีที่สุด): นำหอมแดงใส่ตะกร้าที่มีรูระบายอากาศ หรือมัดแขวนไว้ในที่แห้ง ไม่ชื้น และไม่อับชื้น
• วางบนถ่าน: วางหอมแดงในตะกร้าที่มีถ่านวางรองพื้น หรือใส่ถ่านลงในภาชนะปิดฝาแล้วแช่ตู้เย็น ถ่านจะช่วยดูดความชื้นลดการฝ่อและขึ้นรา
• ปอกเปลือกแล้วแช่ตู้เย็น: ปอกเปลือก ล้างให้สะอาด พักให้แห้งสนิท ใส่กล่องปิดฝา (รองกระดาษทิชชู่อเนกประสงค์) เก็บในตู้เย็นได้นาน 2 สัปดาห์
• แช่ช่องฟรีซ: ปอกเปลือก ล้าง หั่นซอย แล้วใส่ถุงแช่แข็ง เก็บได้นาน 3-12 เดือน
• สิ่งที่ควรหลีกเลี่ยง: อย่าเก็บหอมแดงในถุงพลาสติกปิดสนิท เพราะความชื้นจะทำให้อับชื้นและเน่าเสีย