การเก็บรักษาปลานิลแดดเดียวให้คงความสดใหม่และเก็บได้นาน คือการบรรจุในภาชนะที่ปิดสนิท (แนะนำถุงสุญญากาศ) แล้วแช่ในช่องแช่แข็ง (Freezer) จะเก็บได้นาน 2-3 เดือน หากแช่ช่องธรรมดาเก็บได้ประมาณ 7 วัน ควรแยกชิ้นปลาไม่ให้ติดกันเพื่อความสะดวกในการหยิบใช้งานและป้องกันการเน่าเสีย 

1. ทำความสะอาดและตากแดด: ตากปลานิลแดดเดียวให้แห้งสนิทตามต้องการ เพื่อลดความชื้น ซึ่งเป็นสาเหตุของเชื้อรา
2. บรรจุลงถุง: แนะนำให้ใช้เครื่องซีลสูญญากาศเพื่อไล่อากาศออกให้หมด ป้องกันกลิ่นติดตู้เย็นและยืดอายุได้นานที่สุด หากไม่มี ให้ใช้ถุงซิปล็อคหรือถุงพลาสติกหนาปิดปากถุงให้แน่นที่สุด
3. เก็บในช่องแข็ง (Freezer): เป็นวิธีที่ดีที่สุด เก็บได้ 2-3 เดือน
4. การจัดการก่อนนำมาใช้: หากต้องการนำมาทอด ควรแบ่งบรรจุเป็นถุงละ 1-2 ชิ้น (ตามปริมาณที่กินต่อมื้อ) เพื่อไม่ให้ต้องนำออกมาละลายน้ำแข็งบ่อยๆ ซึ่งจะทำให้ปลาเสียรสชาติและเสียเร็วขึ้น